feat: prepare safe publication CSV enrichment import

This commit is contained in:
codex committed 2026-10-05 11:43:14 +03:00
1 parent 111ee15289
commit 05a62d18e6
9 files changed
+669 -6

No files matched your search

+5 -1
View File
@@ -141,4 +141,8 @@ node --check app/static/admin.js
Тесты с данными используют временную SQLite; отдельные API smoke-тесты запускают приложение с его текущей конфигурацией. Браузерная проверка: `pip install playwright`, `python -m playwright install chromium`, затем `python tests/browser_admin.py`. Она проверяет реальный рендеринг страниц, клавиатуру, диалог, фильтры и восстановление прогресса после ошибки. Скриншоты сохраняются во временную папку; путь выводится в конце.
Версия сервиса: `0.9.0`. Админка всегда показывает версии backend и frontend в footer.
Версия сервиса: `0.10.0`. Админка всегда показывает версии backend и frontend в footer.
## Разовый импорт публикаций
Инструкция, минимальные права временной роли и ограниченный SSH-запуск: [docs/publication-import.md](docs/publication-import.md). По умолчанию импортер выполняет dry-run; production-применение требует отдельного решения владельца.
+3 -3
View File
@@ -1,3 +1,3 @@
APP_VERSION = "0.9.0"
FRONTEND_VERSION = "0.9.0"
BACKEND_VERSION = "0.9.0"
APP_VERSION = "0.10.0"
FRONTEND_VERSION = "0.10.0"
BACKEND_VERSION = "0.10.0"
+283
View File
@@ -0,0 +1,283 @@
# Разовый импорт публикаций
Инструмент: `scripts/import_publications.py`. Он не импортирует приложение, не читает
`.env`, не вызывает `init_db`, не создаёт таблиц и не удаляет записи. Подключение
берётся только из libpq environment/service, настроенных владельцем. Production в
рамках подготовки не проверялся и не изменялся.
Локальные проверки: синтетические сотрудники, повторный запуск, дубликаты,
неоднозначности, конфликты DOI/года, сохранение заполненных значений и
транзакционный путь на тестовом соединении (read-only / rollback при второй
ошибочной вставке / успешный commit). Прогон на настоящем PostgreSQL и проверка
grants не выполнялись; первый owner-run dry-run с read-only ролью обязателен.
## Вход и сопоставление
Файл владельца `Статьи.csv`: UTF-8 с возможным BOM, разделитель `;`, 1797 записей,
SHA256 `1f236be56d99677b1403df29a4c1d3a7e6d10cb90bd355d678201a027921b0ce`.
Обязательные колонки: `Название публикации`, `Год`, `DOI`, `Авторы НИУ ВШЭ`.
Номер строки в отчёте — номер CSV-записи с заголовком, а не физической строки.
Сотрудник сопоставляется по полному ФИО: Unicode NFKC, регистр, пробелы и ё/е.
Учитываются все существующие статусы; новые сотрудники не создаются. Ноль
совпадений → `employee_not_found`, несколько → `ambiguous_employee`. Инициалы,
переводы, перестановки слов и приблизительные совпадения не используются.
Публикация сопоставляется **внутри конкретного сотрудника** по нормализованному DOI
или полному названию и году. Отсутствующий год БД допускает заполнение при
совпадении названия. Если эти способы указывают на разные записи, импорт
пропускается (`ambiguous_publication`). Разные заполненные DOI или годы —
`doi_conflict` / `year_conflict`. Существующие дубликаты не объединяются и не
удаляются. Одна статья у разных сотрудников — предусмотренные моделью авторские
связи, а не дубли внутри карточки.
Повтор CSV внутри сотрудника не создаёт записи (`csv_duplicate`); первая
непустая метаинформация имеет приоритет. Если строка без DOI была запланирована
первой, следующая строка с DOI может дополнить ту же вставку
(`merged_csv_duplicate`). При повторном запуске уже заполненные записи дают
`already_present`. Хеш новой записи детерминирован по сотруднику и DOI либо
названию/году. `source_hash` существующих записей не меняется.
Пустые ячейки ничего не стирают. Пустые название/авторы, некорректный год
(допустимо 1000–9999) или DOI пропускаются как `invalid_fields`. Повреждённая
структура CSV прерывает весь запуск до подключения. Несовместимый JSON БД
пропускается (`unsupported_raw_data`, `unsupported_csv_metadata`).
## Таблицы, столбцы и права
| Объект | Операция / столбцы |
|---|---|
| `public.employees` | Только SELECT: `id`, `full_name` |
| `public.employee_publications` | SELECT: `id`, `employee_id`, `title`, `year`, `doi_url`, `raw_data` |
| Новая публикация | INSERT: `employee_id`, `title`, `year`, `doi_url` при наличии, `raw_data`, `source_hash`, `created_at`, `updated_at` |
| Существующая публикация | UPDATE: только пустые `title`, `year`, `doi_url`; `raw_data`; служебный `updated_at` |
| Sequence идентификатора публикации | USAGE для `nextval`; имя определяется `pg_get_serial_sequence`, обычно `public.employee_publications_id_seq` |
Остальные таблицы и sequences не затрагиваются. В `raw_data` сохраняются прежние
ключи; добавляется/дополняется `csv_enrichment` только отсутствующими или пустыми
значениями. Уже заполненные CSV-метаданные не заменяются. Поля `authors`,
`publication_id`, тип материала, язык, аннотация, ссылки HSE и статус не меняются.
CSV содержит **только авторов НИУ ВШЭ**, поэтому он не считается полным составом
авторов и не заменяет `authors`. Идентификаторы Scopus/WoS, квартиль и остальные
непустые исходные ячейки сохраняются в `raw_data.csv_enrichment` без интерпретации.
Карточки `employees.current_data` и snapshots не изменяются; отчёт и данные
таблицы не означают обновления всех представлений интерфейса.
Минимальные собственные grants роли: CONNECT к БД, USAGE схемы public,
перечисленные SELECT/INSERT/UPDATE по столбцам, USAGE найденной sequence.
Не нужны DELETE, TRUNCATE, CREATE, ALTER, ownership, superuser, доступ к прочим
таблицам и sequence UPDATE/setval. Роль новая, без членства в других ролях.
Права PUBLIC всё равно наследуются: владелец должен отдельно проверить их;
этот набор команд не меняет общие права PUBLIC и не гарантирует изоляцию при
уже существующих широких общих grants. В частности TEMP может быть выдан PUBLIC.
## Применение и ограничения
Без `--apply` используется PostgreSQL `SERIALIZABLE READ ONLY`, без INSERT,
UPDATE и nextval, с rollback. С `--apply` весь план применяется одной транзакцией
SERIALIZABLE. Advisory lock предотвращает одновременное применение этим
импортером. Таймаут запроса — 60 секунд, ожидания блокировок — 5 секунд.
Ошибка записи/конфликт сериализации откатывает все изменения таблиц; автоматических
повторов нет. Sequence может получить пропуски при откате — это нормальное
поведение PostgreSQL. Изменение входного файла во время запуска прерывает импорт.
JSON-отчёт содержит количества insert/update/skip, причины и пары
`номер CSV-записи — employee_id`, без ФИО, названий статей и секретов. Счётчики
относятся к авторским связям, а не уникальным статьям. Консоль выводит только
сводку. Отчёт сначала пишется в `.pending` до commit, после успеха переименовывается.
Если остался `.pending`, следующий запуск блокируется: сначала проверьте исход
транзакции. Отчёт `.pending` не доказывает commit; ошибка переименования после
commit также возможна. Безопасный повторный dry-run позволяет проверить состояние.
При необходимости владелец перемещает `.pending` в архив перед повтором.
**До применения нужен свежий backup БД.** Во время импорта владелец должен
исключить crawl и другие записи публикаций. Текущий crawler удаляет отсутствующие
в ответе ВШЭ записи и заменяет `raw_data` существующих публикаций. Поэтому
обогащение может исчезнуть после следующего crawl: сохранение сторонних данных
нужно решить отдельным изменением до возобновления обходов. Импортер не меняет
эту логику. Не выполняйте production apply до независимого ревью и решения
вопроса сохранности. Здесь не приведены команды рестарта сервисов.
## Команды владельцу (не выполнялись)
Ниже — подготовка разового доступа после ревью. Выполняет владелец на сервере.
Рабочая директория — проверенная копия этого PR; файлы программы и CSV должны
быть защищены от записи временным SSH-пользователем. Пароли/ключи не включать
в репозиторий или чат. Имена контейнеров соответствуют текущему Compose-проекту;
владелец проверяет их локально перед выполнением.
Сначала резервная копия в приватный каталог владельца:
```sh
install -d -m 700 /var/backups/miem-publication-import
docker exec miem_workers-postgres-1 pg_dump -U miem -d miem_workers -Fc -f /tmp/publications-before.dump
docker cp miem_workers-postgres-1:/tmp/publications-before.dump /var/backups/miem-publication-import/before.dump
chmod 600 /var/backups/miem-publication-import/before.dump
```
При повторной операции используйте новый путь backup; не перезаписывайте нужную
предыдущую копию. Проверьте exit codes и архив `pg_restore --list` до выдачи write.
Откройте psql владельцем БД:
```sh
docker exec -it miem_workers-postgres-1 psql -U miem -d miem_workers
```
Выполните SQL (без пароля в SQL/истории):
```sql
\set ON_ERROR_STOP on
SELECT format('CREATE ROLE miem_publication_import LOGIN NOSUPERUSER NOCREATEDB NOCREATEROLE NOINHERIT NOREPLICATION NOBYPASSRLS CONNECTION LIMIT 1 VALID UNTIL %L', CURRENT_TIMESTAMP + interval '24 hours') \gexec
\password miem_publication_import
GRANT CONNECT ON DATABASE miem_workers TO miem_publication_import;
GRANT USAGE ON SCHEMA public TO miem_publication_import;
GRANT SELECT (id, full_name) ON public.employees TO miem_publication_import;
GRANT SELECT (id, employee_id, title, year, doi_url, raw_data) ON public.employee_publications TO miem_publication_import;
-- Сначала выдаются только read-права для dry-run.
SELECT pg_get_serial_sequence('public.employee_publications', 'id');
SELECT has_schema_privilege('miem_publication_import', 'public', 'CREATE') AS unexpected_create,
has_table_privilege('miem_publication_import', 'public.employees', 'INSERT') AS unexpected_employee_insert,
has_table_privilege('miem_publication_import', 'public.employee_publications', 'DELETE') AS unexpected_delete;
```
Три проверки должны вернуть false. Не выдавайте write-права при неожиданном
доступе. Если sequence не найдена, выясните фактический механизм id перед импортом.
Срок роли ограничивает парольную авторизацию, но не заменяет отзыв доступа и
завершение открытых сессий.
После принятого dry-run, непосредственно перед разрешённым apply:
```sql
GRANT INSERT (employee_id, title, year, doi_url, raw_data, source_hash, created_at, updated_at) ON public.employee_publications TO miem_publication_import;
GRANT UPDATE (title, year, doi_url, raw_data, updated_at) ON public.employee_publications TO miem_publication_import;
SELECT format('GRANT USAGE ON SEQUENCE %s TO miem_publication_import', pg_get_serial_sequence('public.employee_publications', 'id')) \gexec
```
Подготовьте внутри API-контейнера защищённые файлы libpq `pg_service.conf` и
`pgpass` из окружения/секрет-хранилища владельца: service
`miem_publication_import`, БД `miem_workers`, пользователь
`miem_publication_import`. Используйте внутренний PostgreSQL endpoint Compose,
порт 5432; не публикуйте порт БД. Поле password хранится только в `pgpass`,
доступном UID 65534 с mode 600. Не копируйте `.env` приложения. Этот шаг
зависит от секрет-хранилища владельца; универсальной команды получения секрета нет.
Установите файлы (команды root; каталог контейнера не должен быть volume с
непроверенными файлами). `Статьи.csv` расположен рядом с каталогом репозитория:
```sh
docker exec miem_workers-api-1 mkdir -p /opt/miem-import /tmp/miem-import
docker cp scripts/import_publications.py miem_workers-api-1:/opt/miem-import/import_publications.py
docker cp ../Статьи.csv miem_workers-api-1:/opt/miem-import/articles.csv
docker exec miem_workers-api-1 chown -R root:root /opt/miem-import
docker exec miem_workers-api-1 chmod 755 /opt/miem-import
docker exec miem_workers-api-1 chmod 644 /opt/miem-import/import_publications.py /opt/miem-import/articles.csv
docker exec miem_workers-api-1 chown 65534:65534 /opt/miem-import/pg_service.conf /opt/miem-import/pgpass /tmp/miem-import
docker exec miem_workers-api-1 chmod 600 /opt/miem-import/pg_service.conf /opt/miem-import/pgpass
docker exec miem_workers-api-1 chmod 700 /tmp/miem-import
docker exec miem_workers-api-1 sha256sum /opt/miem-import/articles.csv
install -m 755 -o root -g root scripts/import-publications-run /usr/local/sbin/miem-publication-import
install -m 755 -o root -g root scripts/import-publications-ssh /usr/local/sbin/miem-publication-import-ssh
useradd --create-home --shell /bin/sh miem-pub-import
install -d -m 700 -o miem-pub-import -g miem-pub-import /home/miem-pub-import/.ssh
```
Проверьте SHA256 CSV по указанному выше значению и script по проверенной копии PR.
Секретные файлы должны существовать перед командами chown/chmod. Root-владелец
каталога не позволяет UID 65534 заменить программу/CSV; этот UID может писать
только отчёт и свои файлы конфигурации. Не предоставляйте SSH-пользователю группу
docker или общий sudo. Каталоги и executables выше должны быть root-owned и
недоступны для записи этому пользователю. Убедитесь, что абсолютный путь Docker
на сервере — `/usr/bin/docker`.
Создайте `/etc/sudoers.d/miem-publication-import` с mode 440:
```sudoers
miem-pub-import ALL=(root) NOPASSWD: /usr/local/sbin/miem-publication-import dry-run, /usr/local/sbin/miem-publication-import apply
```
```sh
visudo -cf /etc/sudoers.d/miem-publication-import
```
В `/home/miem-pub-import/.ssh/authorized_keys` добавьте **только публичный** ключ
владельца с ограничениями (замените `<PUBLIC_KEY>` самим публичным ключом):
```text
restrict,command="/usr/local/sbin/miem-publication-import-ssh" <PUBLIC_KEY>
```
```sh
chown root:root /home/miem-pub-import/.ssh/authorized_keys
chmod 644 /home/miem-pub-import/.ssh/authorized_keys
chown root:root /home/miem-pub-import /home/miem-pub-import/.ssh
chmod 755 /home/miem-pub-import
chmod 755 /home/miem-pub-import/.ssh
```
Root-владение home/.ssh предотвращает замену ограниченного authorized_keys.
Убедитесь, что SSH не разрешает этому пользователю другие ключи, пароль,
keyboard-interactive, пользовательские environment/rc или общий shell.
При необходимости задайте в sshd `Match User miem-pub-import` с
`AuthenticationMethods publickey`, `PasswordAuthentication no`,
`KbdInteractiveAuthentication no`, `DisableForwarding yes`, `PermitTTY no`,
`PermitUserRC no` и указанным ForceCommand. Проверка/reload SSH зависит от
конфигурации сервера; перед reload сохраните действующую сессию владельца.
С клиентской машины параметры хоста/ключа берутся из окружения владельца:
```sh
ssh -i "$IMPORT_SSH_KEY" -o IdentitiesOnly=yes -o BatchMode=yes -o StrictHostKeyChecking=yes "miem-pub-import@$PROD_HOST" 'import-publications dry-run'
```
После проверки сводки, выдачи write-grants и отдельного решения владельца:
```sh
ssh -i "$IMPORT_SSH_KEY" -o IdentitiesOnly=yes -o BatchMode=yes -o StrictHostKeyChecking=yes "miem-pub-import@$PROD_HOST" 'import-publications apply'
ssh -i "$IMPORT_SSH_KEY" -o IdentitiesOnly=yes -o BatchMode=yes -o StrictHostKeyChecking=yes "miem-pub-import@$PROD_HOST" 'import-publications dry-run'
```
Повторный dry-run должен показать ноль insert/update. При concurrent changes
сводки могут различаться; без production-проверки фактические количества неизвестны.
Владелец забирает отчёты без предоставления SCP/general shell временному ключу:
```sh
docker cp miem_workers-api-1:/tmp/miem-import/apply.json ./publication-import-apply.json
docker cp miem_workers-api-1:/tmp/miem-import/dry-run.json ./publication-import-dry-run.json
```
## Отзыв доступа
Владелец прекращает новые SSH-входы: перемещает временный authorized_keys в свой
закрытый архив и удаляет только этот sudoers-файл. Не удаляйте данные БД или volumes.
```sh
mv /home/miem-pub-import/.ssh/authorized_keys /var/backups/miem-publication-import/authorized_keys.disabled
rm /etc/sudoers.d/miem-publication-import
```
В psql владельцем:
```sql
ALTER ROLE miem_publication_import NOLOGIN;
SELECT pg_terminate_backend(pid) FROM pg_stat_activity WHERE usename = 'miem_publication_import' AND pid <> pg_backend_pid();
REVOKE ALL PRIVILEGES ON DATABASE miem_workers FROM miem_publication_import;
REVOKE ALL PRIVILEGES ON SCHEMA public FROM miem_publication_import;
REVOKE SELECT (id, full_name) ON public.employees FROM miem_publication_import;
REVOKE SELECT (id, employee_id, title, year, doi_url, raw_data),
INSERT (employee_id, title, year, doi_url, raw_data, source_hash, created_at, updated_at),
UPDATE (title, year, doi_url, raw_data, updated_at)
ON public.employee_publications FROM miem_publication_import;
SELECT format('REVOKE ALL PRIVILEGES ON SEQUENCE %s FROM miem_publication_import', pg_get_serial_sequence('public.employee_publications', 'id')) \gexec
DROP ROLE miem_publication_import;
```
После сохранения отчётов и backup удалите только временные секреты подключения:
```sh
docker exec miem_workers-api-1 rm /opt/miem-import/pgpass /opt/miem-import/pg_service.conf
```
Эти действия не используют `DROP OWNED` и не удаляют публикации. SQL роли не
является миграцией схемы приложения. Если DROP ROLE не проходит, проверьте
оставшиеся grants; не применяйте CASCADE/удаление данных.
+1 -1
View File
@@ -1,6 +1,6 @@
[project]
name = "miem-workers"
version = "0.9.0"
version = "0.10.0"
description = "MIEM employees parser, admin API, and web admin"
requires-python = ">=3.11"
dependencies = [
+25
View File
@@ -0,0 +1,25 @@
#!/bin/sh
# Install root-owned; caller cannot choose container, executable, input or env.
set -eu
case "${1:-}" in
dry-run) mode=dry-run ;;
apply) mode=apply ;;
*) exit 1 ;;
esac
[ "$#" -eq 1 ] || exit 1
if [ "$mode" = apply ]; then
exec /usr/bin/docker exec --user 65534:65534 \
-e PGSERVICEFILE=/opt/miem-import/pg_service.conf \
-e PGSERVICE=miem_publication_import \
-e PGPASSFILE=/opt/miem-import/pgpass \
-e PYTHONNOUSERSITE=1 \
miem_workers-api-1 python -I /opt/miem-import/import_publications.py \
/opt/miem-import/articles.csv --apply --report /tmp/miem-import/apply.json
fi
exec /usr/bin/docker exec --user 65534:65534 \
-e PGSERVICEFILE=/opt/miem-import/pg_service.conf \
-e PGSERVICE=miem_publication_import \
-e PGPASSFILE=/opt/miem-import/pgpass \
-e PYTHONNOUSERSITE=1 \
miem_workers-api-1 python -I /opt/miem-import/import_publications.py \
/opt/miem-import/articles.csv --report /tmp/miem-import/dry-run.json
+8
View File
@@ -0,0 +1,8 @@
#!/bin/sh
# Forced SSH command: no arguments, paths, forwarding or shell from the client.
set -eu
case "${SSH_ORIGINAL_COMMAND:-}" in
'import-publications dry-run') exec sudo -n /usr/local/sbin/miem-publication-import dry-run ;;
'import-publications apply') exec sudo -n /usr/local/sbin/miem-publication-import apply ;;
*) printf '%s\n' 'Allowed: import-publications dry-run | import-publications apply' >&2; exit 1 ;;
esac
+189
View File
@@ -0,0 +1,189 @@
"""Owner-run CSV enrichment; no app startup, .env loading, DDL or deletes."""
import argparse
import csv
import hashlib
import json
import re
import unicodedata
from collections import Counter, defaultdict
from pathlib import Path
def normalized(value):
return " ".join(unicodedata.normalize("NFKC", value or "").casefold().replace("ё", "е").split())
def doi(value):
return re.sub(r"^(?:https?://(?:dx\.)?doi\.org/|doi:\s*)", "", (value or "").strip(), flags=re.I).lower()
def read_rows(path):
with path.open(encoding="utf-8-sig", newline="") as source:
reader = csv.DictReader(source, delimiter=";")
required = {"Название публикации", "Год", "DOI", "Авторы НИУ ВШЭ"}
if not required <= set(reader.fieldnames or []):
raise ValueError("Missing required CSV headers")
rows = []
for number, row in enumerate(reader, 2):
if None in row or any(v is None for v in row.values()):
raise ValueError(f"Malformed CSV record {number}")
rows.append((number, {k.strip(): v.strip() for k, v in row.items()}))
return rows
def plan(rows, employees, publications):
names = defaultdict(list)
by_employee = defaultdict(list)
for employee in employees:
if normalized(employee["full_name"]):
names[normalized(employee["full_name"])].append(employee["id"])
for publication in publications:
by_employee[publication["employee_id"]].append(dict(publication))
actions, audit, seen = [], [], set()
for number, row in rows:
title, identifier = row["Название публикации"], doi(row["DOI"])
author_names = sorted(set(normalized(a) for a in row["Авторы НИУ ВШЭ"].split(";")) - {""})
year = int(row["Год"]) if row["Год"].isdigit() else None
if not title or not year or not 1000 <= year <= 9999 or not author_names or (identifier and not re.fullmatch(r"10\.\d{4,9}/\S+", identifier)):
audit.append({"row": number, "employee_id": None, "result": "skip", "reason": "invalid_fields"})
continue
for author in author_names:
ids = names.get(author, [])
entry = {"row": number, "employee_id": ids[0] if len(ids) == 1 else None}
def skip(reason):
audit.append({**entry, "result": "skip", "reason": reason})
if len(ids) != 1:
skip("employee_not_found" if not ids else "ambiguous_employee")
continue
employee_id = ids[0]
candidates = by_employee[employee_id]
exact = [p for p in candidates if identifier and doi(p.get("doi_url")) == identifier]
title_matches = [p for p in candidates if normalized(p["title"]) == normalized(title) and p.get("year") in (None, year)]
matches = {p["id"]: p for p in exact + title_matches}
if len(matches) > 1:
skip("ambiguous_publication")
continue
existing = next(iter(matches.values()), None)
if existing and identifier and doi(existing.get("doi_url")) and doi(existing["doi_url"]) != identifier:
skip("doi_conflict")
continue
if existing and existing.get("year") and existing["year"] != year:
skip("year_conflict")
continue
key = (employee_id, identifier or (normalized(title), year))
if key in seen:
skip("csv_duplicate")
continue
seen.add(key)
metadata = {k: v for k, v in row.items() if v}
raw = existing.get("raw_data") if existing else None
if raw is not None and not isinstance(raw, dict):
skip("unsupported_raw_data")
continue
raw = dict(raw or {})
old_metadata = raw.get("csv_enrichment", {})
if not isinstance(old_metadata, dict):
skip("unsupported_csv_metadata")
continue
merged = dict(old_metadata)
for k, v in metadata.items():
if not merged.get(k):
merged[k] = v
raw["csv_enrichment"] = merged
values = {"raw_data": raw}
if identifier and (not existing or not existing.get("doi_url")):
values["doi_url"] = "https://doi.org/" + identifier
if not existing or not existing.get("year"):
values["year"] = year
if not existing or not existing.get("title"):
values["title"] = title
if existing:
values = {k: v for k, v in values.items() if existing.get(k) != v}
if not values:
skip("already_present")
continue
if isinstance(existing["id"], str):
actions[int(existing["id"].split("-")[1])]["values"].update(values)
existing.update(values)
skip("merged_csv_duplicate")
continue
action = {"result": "update", "id": existing["id"], "values": values}
existing.update(values)
else:
source_hash = hashlib.sha256(json.dumps(key, ensure_ascii=False, sort_keys=True).encode()).hexdigest()
values.update(employee_id=employee_id, source_hash=source_hash)
action = {"result": "insert", "values": values}
by_employee[employee_id].append({**values, "id": f"planned-{len(actions)}"})
actions.append(action)
audit.append({**entry, "result": action["result"], "reason": ""})
return actions, audit
def main():
parser = argparse.ArgumentParser(description=__doc__)
parser.add_argument("file", type=Path)
parser.add_argument("--apply", action="store_true", help="Commit; default is read-only dry-run")
parser.add_argument("--report", type=Path, required=True)
args = parser.parse_args()
pending_report = args.report.with_suffix(args.report.suffix + ".pending")
if args.file.resolve() in (args.report.resolve(), pending_report.resolve()):
raise ValueError("Report must not overwrite input")
source_digest = hashlib.sha256(args.file.read_bytes()).hexdigest()
rows = read_rows(args.file)
# libpq environment/service only; never load application settings or .env.
import psycopg
from psycopg.rows import dict_row
from psycopg.types.json import Jsonb
from psycopg import sql
# Check report access before any possible commit; pending file is not a success report.
with pending_report.open("x", encoding="utf-8"):
pass
with psycopg.connect("", row_factory=dict_row) as connection:
connection.execute("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL SERIALIZABLE" + ("" if args.apply else " READ ONLY"))
connection.execute("SET LOCAL search_path = pg_catalog, public")
connection.execute("SET LOCAL statement_timeout = '60s'")
connection.execute("SET LOCAL lock_timeout = '5s'")
if args.apply:
locked = connection.execute("SELECT pg_try_advisory_xact_lock(716203841)").fetchone()
if not next(iter(locked.values())):
raise RuntimeError("Another import is running")
employees = connection.execute("SELECT id, full_name FROM public.employees").fetchall()
publications = connection.execute("SELECT id, employee_id, title, year, doi_url, raw_data FROM public.employee_publications").fetchall()
actions, audit = plan(rows, employees, publications)
if args.apply:
for action in actions:
values = dict(action["values"])
values["raw_data"] = Jsonb(values["raw_data"])
columns = list(values)
if action["result"] == "insert":
query = sql.SQL("INSERT INTO public.employee_publications ({}, created_at, updated_at) VALUES ({}, CURRENT_TIMESTAMP, CURRENT_TIMESTAMP)").format(
sql.SQL(", ").join(map(sql.Identifier, columns)), sql.SQL(", ").join(sql.Placeholder() for _ in columns))
connection.execute(query, list(values.values()))
else:
query = sql.SQL("UPDATE public.employee_publications SET {}, updated_at = CURRENT_TIMESTAMP WHERE id = %s").format(
sql.SQL(", ").join(sql.SQL("{} = %s").format(sql.Identifier(k)) for k in columns))
result = connection.execute(query, [*values.values(), action["id"]])
if result.rowcount != 1:
raise RuntimeError("Publication changed concurrently")
if hashlib.sha256(args.file.read_bytes()).hexdigest() != source_digest:
raise RuntimeError("Input changed during import")
summary = {"mode": "apply" if args.apply else "dry-run", "csv_rows": len(rows),
"sha256": source_digest,
"counts": {key: sum(item["result"] == key for item in audit) for key in ("insert", "update", "skip")},
"skip_reasons": dict(Counter(item["reason"] for item in audit if item["result"] == "skip"))}
pending_report.write_text(json.dumps({"summary": summary, "records": audit}, ensure_ascii=False, indent=2), encoding="utf-8")
if not args.apply:
connection.rollback()
pending_report.replace(args.report)
print(json.dumps(summary, ensure_ascii=False))
if __name__ == "__main__":
try:
main()
except Exception as error:
# Driver errors may contain connection credentials or personal data.
print(f"Import failed ({type(error).__name__}); transaction not partially applied. Check configuration and permissions.")
raise SystemExit(1)
+1 -1
View File
@@ -18,7 +18,7 @@ def test_health_returns_versions():
response = TestClient(app).get("/api/health")
assert response.status_code == 200
assert response.json()["backend_version"] == "0.9.0"
assert response.json()["backend_version"] == "0.10.0"
def test_api_employees_and_stats_require_admin_session():
+154
View File
@@ -0,0 +1,154 @@
"""Offline checks: synthetic identities only, no settings or database access."""
from scripts.import_publications import plan, read_rows
from pathlib import Path
def row(title="Test", doi="10.1234/test", year="2024", authors="Test Person"):
return {"Название публикации": title, "DOI": doi, "Год": year,
"Авторы НИУ ВШЭ": authors}
EMPLOYEES = [{"id": 1, "full_name": "Test Person"}]
def test_repeat_and_no_new_employees():
rows = [(2, row()), (3, row()), (4, row(authors="Missing Person"))]
actions, audit = plan(rows, EMPLOYEES, [])
assert len(actions) == 1 and actions[0]["result"] == "insert"
assert [a["reason"] for a in audit] == ["", "csv_duplicate", "employee_not_found"]
stored = [{"id": 11, **actions[0]["values"]}]
repeat, _ = plan(rows, EMPLOYEES, stored)
assert repeat == []
def test_ambiguity_and_conflicts():
assert not plan([(2, row())], EMPLOYEES * 2, [])[0]
stored = [{"id": 1, "employee_id": 1, "title": "Test", "year": 2024,
"doi_url": "https://doi.org/10.1234/other", "raw_data": {}}]
assert plan([(2, row())], EMPLOYEES, stored)[1][0]["reason"] == "doi_conflict"
stored[0]["doi_url"] = "https://doi.org/10.1234/test"
assert plan([(2, row(year="2025"))], EMPLOYEES, stored)[1][0]["reason"] == "year_conflict"
assert plan([(2, row())], EMPLOYEES, stored * 2)[0] # same id is one identity
stored.append({**stored[0], "id": 2})
assert plan([(2, row())], EMPLOYEES, stored)[1][0]["reason"] == "ambiguous_publication"
def test_fill_only_preserves_metadata_and_empty_values():
stored = [{"id": 1, "employee_id": 1, "title": "Test", "year": 2024,
"doi_url": None, "raw_data": {"hse": "keep", "csv_enrichment": {"extra": "keep"}}}]
actions, _ = plan([(2, {**row(), "extra": "", "new": "added"})], EMPLOYEES, stored)
values = actions[0]["values"]
assert set(values) == {"doi_url", "raw_data"}
assert values["raw_data"]["hse"] == "keep"
assert values["raw_data"]["csv_enrichment"]["extra"] == "keep"
assert values["raw_data"]["csv_enrichment"]["new"] == "added"
assert "new" not in stored[0]["raw_data"]["csv_enrichment"]
def test_missing_doi_then_doi_does_not_update_synthetic_id():
actions, _ = plan([(2, row(doi="")), (3, row())], EMPLOYEES, [])
assert len(actions) == 1 and actions[0]["result"] == "insert"
assert actions[0]["values"]["doi_url"] == "https://doi.org/10.1234/test"
def test_invalid_rows_and_owner_file():
assert not plan([(2, row(year="oops")), (3, row(doi="bad"))], EMPLOYEES, [])[0]
path = Path(__file__).resolve().parents[2] / "Статьи.csv"
if path.exists():
rows = read_rows(path)
assert len(rows) == 1797
actions, audit = plan(rows, [], [])
assert not actions and audit and all(a["result"] == "skip" for a in audit)
def test_cli_read_only_and_atomic_failure(tmp_path, monkeypatch):
import sys
import psycopg
from scripts import import_publications
source = tmp_path / "input.csv"
source.write_text("Название публикации;Год;DOI;Авторы НИУ ВШЭ\nFirst;2024;10.1234/first;Test Person\nSecond;2024;10.1234/second;Test Person\n", encoding="utf-8")
class Result:
rowcount = 1
def __init__(self, rows):
self.rows = rows
def fetchall(self):
return self.rows
def fetchone(self):
return self.rows[0]
class Connection:
def __init__(self, fail=False):
self.queries, self.writes = [], []
self.fail, self.rolled_back, self.committed = fail, False, False
def __enter__(self):
return self
def __exit__(self, kind, *_):
if kind:
self.rollback()
elif not self.rolled_back:
self.committed = True
def rollback(self):
self.rolled_back = True
self.writes.clear()
def execute(self, query, params=None):
query = query if isinstance(query, str) else query.as_string()
self.queries.append(query)
if query.startswith("SELECT id, full_name"):
return Result(EMPLOYEES)
if query.startswith("SELECT id, employee_id"):
return Result([])
if "pg_try_advisory" in query:
return Result([{"locked": True}])
if query.startswith("INSERT"):
self.writes.append(params)
if self.fail and len(self.writes) == 2:
raise RuntimeError("Synthetic second-write failure")
return Result([])
report = tmp_path / "dry.json"
dry = Connection()
monkeypatch.setattr(psycopg, "connect", lambda *a, **k: dry)
monkeypatch.setattr(sys, "argv", ["import_publications", str(source), "--report", str(report)])
import_publications.main()
assert dry.rolled_back and not dry.committed and not dry.writes
assert not any(q.startswith(("INSERT", "UPDATE", "DELETE")) for q in dry.queries)
assert "READ ONLY" in dry.queries[0]
assert report.exists()
failed = Connection(fail=True)
monkeypatch.setattr(psycopg, "connect", lambda *a, **k: failed)
report = tmp_path / "apply.json"
monkeypatch.setattr(sys, "argv", ["import_publications", str(source), "--report", str(report), "--apply"])
import pytest
with pytest.raises(RuntimeError):
import_publications.main()
assert failed.rolled_back and not failed.committed and not failed.writes
assert not report.exists()
success = Connection()
monkeypatch.setattr(psycopg, "connect", lambda *a, **k: success)
monkeypatch.setattr(sys, "argv", ["import_publications", str(source), "--report", str(tmp_path / "success.json"), "--apply"])
import_publications.main()
assert success.committed and len(success.writes) == 2
assert not any(q.startswith(("DELETE", "ALTER", "CREATE")) for q in success.queries)
def test_report_cannot_overwrite_source(tmp_path, monkeypatch):
import sys
import pytest
from scripts import import_publications
source = tmp_path / "input.csv"
source.write_text("unchanged", encoding="utf-8")
monkeypatch.setattr(sys, "argv", ["import_publications", str(source), "--report", str(source)])
with pytest.raises(ValueError):
import_publications.main()
assert source.read_text() == "unchanged"